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| Original file line number | Diff line number | Diff line change |
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| @@ -0,0 +1,173 @@ | ||
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| date: 2025-02-16 | ||
| comments: true | ||
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| # 生信爱好者周刊（第 157 期）：中国学术界，从此告别"杰青" | ||
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| 这里记录每周值得分享的生信相关内容，周日发布。 | ||
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| 本杂志开源（GitHub: [openbiox/weekly](https://github.com/openbiox/weekly)），欢迎提交 issue，投稿或推荐生信相关内容。 | ||
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| [「生信周刊讨论区」](https://github.com/openbiox/weekly/discussions) | ||
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| ## 封面图 | ||
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| [图源：The best science images of 2024 — *Nature*’s picks](https://www.nature.com/immersive/d41586-024-03969-z/index.html) | ||
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| ## 本周话题：[中国学术界，从此告别"杰青"](https://mp.weixin.qq.com/s/BxsRFh2O46n7HykQ9v8Y4g) | ||
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| >"为持续深化科学基金人才项目改革，确保人才项目健康发展，切实起到激励人才成长的目的，避免“帽子化”等异化使用现象，自2025年起，将国家杰出青年科学基金项目更名为青年科学基金项目（A类），将优秀青年科学基金项目更名为青年科学基金项目（B类），将青年科学基金项目更名为青年科学基金项目（C类）。”本次更名进行得十分低调且突然，出乎很多申请人的意料。这意味着，杰青、优青这两个为学术界熟知的名字，可能从此成为历史的遗迹，被青年科学基金项目（A类）、（B类）替代。刚过去的2024年是“国家杰出青年科学基金”设立30周年，仅仅一个月不到，这块三十年的招牌已经成为历史。 | ||
| `@ShixiangWang` ：更名在短时间内难以取缔，类似985一样。在正式文件下，是沉默的潜规则。有时候讨论这类问题，有点绕，因为更名本身没有意义，有意义的是后续的行动以及要塑造的科学文化。人才的去帽子化是一个好的开始。但其他人才项目是否会跟进？去帽子化会不会促进更普世自由的研究资助？另外近期也看到马斯克在漂亮国大变革，其中包括大量裁撤科学基金人员和资助，这是否会对我们国家人才项目等行动产生影响有待未来观察。 | ||
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| ## 生信研究 | ||
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| 1、[Cell | 人工智能驱动的空间蛋白质组学新技术](https://mp.weixin.qq.com/s/QL61f6sTfpUoAGIbUWNeNg) | ||
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| 现有空间蛋白质组学技术受限于质谱检测通量和高昂成本，难以兼顾高分辨率与大面积组织分析需求，限制了其在复杂组织研究中的广泛应用。中国科学院动物研究所的赵方庆团队提出了全新的空间蛋白组学技术框架——PLATO，通过整合人工智能深度学习算法与微流控技术，实现了全组织切片水平的高分辨率空间蛋白质组检测（25微米分辨率，数千个蛋白），突破了高通量原位组学技术的瓶颈。 | ||
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| - 论文链接：https://doi.org/10.1016/j.cell.2024.12.023 | ||
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| 2、[iMeta | 结合treeio和ggtree包解析系统发育位置数据](https://mp.weixin.qq.com/s/-hJ8ZmwIJ5WD_W1KzPUy0w) | ||
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| 文章提出的工具结合treeio和ggtree包，能够有效解析复杂的系统发育放置数据，并提供定制化的不确定性可视化解决方案。 | ||
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| - 论文链接：https://doi.org/10.1002/imt2.269 | ||
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| 3、[arXiv | 谷歌推出医疗AI的安卓系统](https://mp.weixin.qq.com/s/DpQ6MTwTriMxWrDnNF6r1Q) | ||
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| 在人工智能快速发展的今天，AI在医疗领域展现出巨大潜力。这项技术不仅能够提高诊断准确性，还能扩大医疗服务覆盖范围，减轻医护人员的行政负担，使他们能够将更多精力投入到病患护理中。然而，医疗AI的开发门槛依然很高，需要海量数据、专业知识和强大的计算资源。为了降低这一门槛，Google研究院健康AI团队于近日推出了全新的开源模型套件——Health AI Developer Foundations（HAI-DEF）。在本次HAI-DEF的首次发布中，Google推出了三个专注于医疗影像应用的重要模型。首先是CXR Foundation胸部X光模型，该模型基于EfficientNet-L2架构，使用超过80万张X光片进行训练，支持图像分类、语义搜索和零样本分类等功能。其次是Derm Foundation皮肤影像模型，它采用BiT ResNet-101x3架构，可用于皮炎、黑色素瘤等皮肤病诊断，同时支持身体部位识别和图像质量评估。第三个是Path Foundation病理学模型，它基于ViT-S架构，专门处理H&E染色图像，可用于肿瘤分级、组织分类等重要临床任务。 | ||
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| - 论文链接：https://arxiv.org/abs/2411.15128 | ||
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| ## 博文资讯 | ||
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| 4、[因美纳公司被列入不可靠实体清单](https://mp.weixin.qq.com/s/fg3Jde9FgFF-Q5pomTl_RA) | ||
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| 被列入不可靠实体清单的外国实体，将面临包括限制或禁止其从事与中国有关的进出口活动、限制或禁止其在中国境内投资、限制或禁止其相关人员入境等一系列措施。 | ||
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| 5、[撰写国自然，不能以自己的判断为标准](https://mp.weixin.qq.com/s/Ly2DZGexF6J4Po4c5g21Fg) | ||
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| 一位优青获得者的基金申请书撰写体会。更多内容阅读原推文。 | ||
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| 6、[系统评估利用scRNA-seq数据作为参考的去卷积方法](https://mp.weixin.qq.com/s/nyKJVBRIMPG4rXsF0hTAsw) | ||
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| 该推文中的研究对比分析了9种去卷积方法的性能，并提出了一系列推荐指南，以帮助研究者在不同应用场景下选择最优工具。 | ||
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| 1. **ADAPTS、CPM 适用于一般去卷积任务**； | ||
| 2. **DWLS 适用于高共表达细胞类型的解析**； | ||
| 3. **AutoGeneS 适用于计算效率要求高的任务**； | ||
| 4. **ADAPTS 适用于高异质性样本的分步解析**。 | ||
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| 7、[2024 年生物信息学十大突破](https://mp.weixin.qq.com/s/cfgNiqSUTJIbOqNAe_DbmA) | ||
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| 该推文介绍了2024年生物信息学领域的十大突破，包括按需设计蛋白质、AlphaFold3、多模态人工智能等内容。 | ||
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| ## 工具 | ||
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| 8、[基于 Typst 的新一代的学术幻灯片（Slides）神器 —— Touying](https://zhuanlan.zhihu.com/p/700974038?utm_campaign=shareopn&utm_medium=social&utm_psn=1857143739534946304&utm_source=wechat_session) | ||
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| Typst 是为写作而诞生的基于标记的排版系统，Typst 的目标是成为功能强大的排版工具，并且让用户可以愉快地使用它。简单来说：Typst = LaTeX 的排版能力 + Markdown 的简洁语法 + 强大且现代的脚本语言。 | ||
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| 而 Touying 是为 Typst 开发的幻灯片/演示文稿包。Touying 也类似于 LaTeX 的 Beamer，但是得益于 Typst，你可以拥有更快的渲染速度与更简洁的语法。 | ||
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| - GitHub地址：https://github.com/touying-typ/touying | ||
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| 9、[用iSeq下载原始测序数据](https://mp.weixin.qq.com/s/TDpljP6TiuTmyXn07c5rjA) | ||
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| ```bash | ||
| iseq -i accession [options] | ||
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| Accepted accession formats: | ||
| 1.Projects: PRJEB, PRJNA, PRJDB, PRJC, GSE | ||
| 2.Studies: ERP, DRP, SRP, CRA | ||
| 3.BioSamples: SAMD, SAME, SAMN, SAMC | ||
| 4.Samples: ERS, DRS, SRS, GSM | ||
| 5.Experiments: ERX, DRX, SRX, CRX | ||
| 6.Runs: ERR, DRR, SRR, CRR | ||
| ``` | ||
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| iSeq用于从GSA, SRA, ENA, 和 DDBJ数据库下载原始数据和元信息。 | ||
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| - GitHub地址：https://github.com/BioOmics/iSeq | ||
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| 10、[AI 调色盘生成器](https://colorify.rocks/) | ||
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| ## 资源 | ||
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| 11、[Cell杂志评选出2014-2024重大成果（时间线一览）附2025新年社论](https://mp.weixin.qq.com/s/Ss8yWJhskFblr2dmvsW-Tw) | ||
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| 为期一年的《细胞》（Cell）50周年庆典接近尾声之际，期刊推出了“Cell Line: 2014–2024”时间线，重点展示了该期刊发表的一系列杰出科学成果——包括里程碑式的论文和重要的综述文章。 | ||
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| ## 贡献者（GitHub ID） | ||
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| 「Openbiox 生信周刊」运维小队： | ||
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| - `@ShixiangWang`（王诗翔） | ||
| - `@kkjtmac`（阚科佳） | ||
| - `@NiEntropy`（赵启祥） | ||
| - `@He-Kai-fly`（何凯） | ||
| - `@JnanZhang`（张佳楠） | ||
| - `@Tomcxf`（陈啸枫） | ||
| - `@wangdepin`（王德品） | ||
| - `@kongjianyang`（空间阳） | ||
| - `@donghongyu2020`（董弘禹） | ||
| - `@DrRobinLuo`（罗鹏） | ||
| - `@Wangcy-rachel` - 王春阳 | ||
| - `@zoe3251` - 舒晨阳 | ||
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| （完） |
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