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Matriz de diseño #1

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hachepunto opened this issue Mar 24, 2015 · 2 comments
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Matriz de diseño #1

hachepunto opened this issue Mar 24, 2015 · 2 comments

Comments

@hachepunto
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Member

  1. Tiene que admitir una lista de listas.
    Esta lista debe estar compuesta por la condición (sanos, enfermos, tratamientos, etc.) seguida por los paths a los archivos.
  2. Tiene que admitir una lista de pares (contrastes)
    Esta es una lista de los pares de condiciones a contrastar.
@hachepunto
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Member Author

En realidad el punto 1 deb ser una lista de lista de listas.
Lista 1: Condición
Lista 2: Experimentos o lotes para lista 1 y su plataforma.
Lista 3: Paths a archivos CEL para la lista 2.

@rgarcia-herrera
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Member

Design files should look like this:

    experiment = [
       'healthy': {
          'GSE53394': [],
          'GSE533921': ['GSM2134', 'GSM8734'],
        },
        'tumor': {
            'GSE5294': ['GSM234234', 'GSM645'],
            'GSE53920': [],
        },
        'tumor_under_treatment': {
               'GSE34534': [],
               'GSE663': ['GSM5345']
          }
    ]

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